home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / misc / data / pdoc00611 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-07-25  |  1.8 KB  |  40 lines
  1. ***************************
  2. * XPAC protein signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. Xeroderma  pigmentosum (XP) [1]  is a  human   autosomal   recessive  disease,
  6. characterized by  a  high incidence of sunlight-induced skin cancer.  People's
  7. skin cells  with this condition  are hypersensitive  to ultraviolet light, due
  8. to defects in the incision step of DNA excision repair. There are a minimum of
  9. seven genetic complementation  groups  involved in this pathway: XP-A to XP-G.
  10. XP-A is the most severe form of  the disease and is due to defects  in a 30 Kd
  11. nuclear protein called XPAC [2].
  12.  
  13. The sequence of the XPAC protein  is  conserved  from higher eukaryotes [3] to
  14. yeast (gene RAD14) [4]. XPAC is a hydrophilic protein of 247 to 296 amino-acid
  15. residues which has a C4-type zinc finger motif in its central section.
  16.  
  17. We have  developed  two  signature  patterns  for  XPAC  proteins.  The  first
  18. corresponds to the zinc finger region, the second to a highly conserved region
  19. located some 12 residues after the zinc finger region.
  20.  
  21. -Consensus pattern: C-x-[DE]-C-x(3)-[LIVMF]-x(1,2)-D-x(2)-L-x(3)-F-x(4)-C-
  22.                     x(2)-C
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [LIVM](2)-T-[KR]-T-E-x-K-x-[DE]-Y-[LIVMF](2)-x-D-x-[DE]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Last update: October 1993 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Wood R.D., Coverley D.
  33.      BioEssays 13:447-453(1991).
  34. [ 2] Miura N., Miyamoto I., Asahina H., Satokata I., Tanaka K., Okada Y.
  35.      J. Biol. Chem. 266:19786-19789(1991).
  36. [ 3] Shimamoto T., Kohno K., Tanaka K., Okada Y.
  37.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 181:1231-1237(1991).
  38. [ 4] Bankmann M., Prakash L., Prakash S.
  39.      Nature 355:555-558(1992).
  40.